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Les causes du SIBO : pourquoi votre digestion a-t-elle déraillé ?

Comprendre le « pourquoi » pour agir sur le « comment »

Le SIBO (prolifération bactérienne de l’intestin grêle) n’apparaît jamais par hasard. Il n’est pas une fatalité, mais la conséquence logique d’un ou de plusieurs dysfonctionnements en amont. Comprendre d’où il vient, c’est se donner les moyens d’agir sur ses véritables racines, et pas seulement sur ses symptômes. Il existe les causes les plus communément admises 

Cette page est une enquête pour vous aider à identifier les pistes qui expliquent votre situation. Car c’est en comprenant la cause que l’on peut mettre en place une stratégie de guérison réellement efficace et durable.

La cause n°1 : l’enrayement du système d’auto-nettoyage (le CMM)

S’il ne fallait retenir qu’une seule cause, ce serait celle-ci, c’est même presque un synonyme du SIBO. L’intestin grêle possède un mécanisme fondamental appelé le complexe moteur migrant (CMM). On peut l’imaginer comme une « vague de nettoyage » qui se déclenche automatiquement entre les repas, lorsque l’estomac est vide suffisamment longtemps. Son rôle est de balayer les débris alimentaires et les bactéries vers le côlon, gardant ainsi l’intestin grêle relativement propre. Le péristaltisme quant à lui désigne des ondes propulsives variées et segmentaires favorisant l’acheminement mais aussi le brassage du bol alimentaire. Le péristaltisme est particulièrement actif pendant et après le repas (la majorité des gastro-entérologues connaissent peu la différence entre CMM et péristaltisme).

Dans l’immense majorité des cas, le SIBO est le résultat d’une panne ou d’un ralentissement de ce CMM, que l’on qualifie aussi parfois de manque de motilité ou de motricité digestive (dès l’estomac). Si la vague de nettoyage ne se fait pas, ou mal, les bactéries stagnent ou s’accumulent, se nourrissent des aliments qui arrivent, se multiplient et colonisent un territoire où elles ne devraient pas être si nombreuses. Ce phénomène est propice à toutes sortes de fermentations. Ce phénomène était déjà connu en médecine : la gastroparésie et l’intestin paresseux, mais le fait qu’il se manifeste à grande échelle est tout à fait nouveau. 

Les grandes familles de causes : qu’est-ce qui a déréglé votre CMM ?

La question devient alors : pourquoi ce système d’auto-nettoyage est-il enrayé ? Les raisons peuvent être regroupées en plusieurs grandes familles.

Les causes mécaniques et fonctionnelles (quand la “plomberie” est défaillante).

Ce sont les causes les plus communément admises, notamment par les spécialistes américains du SIBO (comme le prof. Mark Pimentel par exemple). Nous listerons en fin de chapître les nombreuses causes sous-jacentes que j’ai observées et découvertes depuis 2014, en recevant plus de 3600 personnes à mon cabinet souffrant pour la plupart de ballonnements persistants, de maux de ventre divers et de troubles immunitaires. 

  • La mauvaise vidange gastrique et le reflux (RGO) : Un estomac qui se vide mal ou qui subit des reflux constants crée un environnement chaotique dès le début de la digestion. La nourriture stagne, fermente prématurément et perturbe le signal de départ du CMM.
  • L’hypothyroïdie : La thyroïde est le thermostat de notre métabolisme. Lorsqu’elle fonctionne au ralenti (même légèrement, on parle “d’hypothyroïdie frustre”), c’est toute la machine digestive qui devient paresseuse (manque global de vitalité et de motilité digestive). C’est avant tout l’hormone thyroïdienne T3 qu’il faut évaluer et soutenir la conversion car c’est l’hormone réellement active dans nos cellules. Elle dépend en partie de la santé du foie, ce dernier est donc directement lié à la motilité intestinale.
  • Le manque d’acide gastrique (hypochlorhydrie) : L’acide chlorhydrique sécrété par l’estomac est une barrière sanitaire essentielle qui stérilise ce que nous mangeons. Si l’estomac n’est pas assez acide, trop de bactéries survivent et entament leur descente vers l’intestin grêle. De plus, un estomac suffisamment acide va favoriser les sécrétions biliaires et pancréatiques. 
  • Dérèglements hormonaux : ce manque de sécrétions digestives est en partie lié à l’hypothyroïdie mais aussi à d’autres fatigues hormonales (surrénales, hypophyse, insuffisance en progestérone, etc…). La progestérone notamment joue un rôle dans la régulation du péristaltisme. 
  • Les insuffisances en neurotransmetteurs (majoritairement sécrétés dans l’intestin, par un microbiote équilibré) : sérotonine (qui agit sur la motilité intestinale) et mélatonine, dopamine, acétylcholine…  
  • Les insuffisances biliaires ou pancréatiques : La bile et les enzymes  pancréatiques (accompagnées de bicarbonate) ne servent pas qu’à digérer. Ils ont aussi une action antimicrobienne, et possèdent en plus un rôle important dans l’équilibre du microbiote tout au long du grêle (en particulier la bile). Une production insuffisante laisse le champ libre aux bactéries opportunistes.

Les causes neurologiques (quand le « chef d’orchestre » est fatigué)

Le système digestif est piloté par notre système nerveux autonome via un « câble » principal : le nerf vague. C’est lui qui donne l’ordre au CMM de se déclencher.

  • L’épuisement du nerf vague : Le stress chronique, l’anxiété, un burn-out ou un choc émotionnel épuisent le système nerveux dédié à la relaxation et à la digestion. Le nerf vague, sur-sollicité et fatigué, ne transmet plus correctement ses ordres. Le CMM ne s’active plus. C’est l’une des causes les plus profondes et les plus fréquentes du SIBO.
  • Insuffisance en ocytocine : d’autre part quelques études suggère qu’il existe un lien direct entre le microbiote et l’insuffisance en ocytocine (hormone de l’amour, de l’empathie et de la sociabilité), elle même reliée à une meilleure motilité intestinale. Notons que la souche L. Reuteri DSM 17938 améliore la sécrétion de l’ocytocine (celle utilisée dans l’IMO ou “SIBO à méthane”). Notons également que la sociabilité (et le sentiment de sécurité intérieure) active et régule le nerf vague, 

Les causes externes et immunitaires (quand l’écosystème est agressé)

Parfois, un événement ou une substance externe vient directement endommager la flore, les nerfs ou les muqueuses de l’intestin.

  • Les médicaments : Deux familles sont particulièrement impliquées. Les antibiotiques, surtout à large spectre, peuvent dévaster l’équilibre de la flore. Les inhibiteurs de la pompe à protons (IPP), pris sur le long terme contre le reflux, créent une hypochlorhydrie artificielle. La prise prolongée de roacutane (isotrétinoïne) est réputée provoquer de nombreux effets délétères sur la santé, y compris la santé intestinale (quelques études) et selon des observations de gastro-entérologues (pas d’études).
  • Une intoxication alimentaire ou une gastro-entérite passée : ces atteintes immunitaires parfois intenses peuvent laisser des séquelles. Les toxines de certaines bactéries (comme Campylobacter entre autres) ressemblent structurellement à la vinculine (protéines des jonctions neuromusculaires intestinales) : le système immunitaire peut alors se tromper de cible et attaquer la vinculine (via des anticorps anti-vinculine). Les cellules nerveuses qui commandent le CMM peuvent être endommagées et favoriser le déclenchement d’un SIBO des mois, voire des années plus tard.
  • Les “intoxications” chroniques : L’exposition à long terme aux polluants environnementaux, pfas et perturbateurs endocriniens, aux pesticides (comme le glyphosate par exemple mais la liste est longue) ou aux métaux lourds, affaiblissent et même endommagent nos systèmes immunitaire, nerveux et hormonal et perturbent l’équilibre délicat de notre microbiote. Rappelons qu’un pourcentage non négligeable de polluants possèdent un poids moléculaire élevé (d’où le terme de “métaux lourds”) : leur principale caractéristique est d’être capables de s’accumuler dans divers tissus du corps (y compris les glandes endocrines, les intestins…) et aussi de traverser le liquide amniotique durant les 9 mois de grossesse. C’est l’une des principales explications de la dégradation graduelle de la santé globale et immunitaire des jeunes générations.
  • L’inflammation de bas grade et porosité intestinale, qui sont quasiment des synonymes, résultantes du déséquilibre de l’écosystème digestif qui perdure dans le temps et qui épuise les ressources immunitaires du corps et des défenses immunitaires de l’intestin en particulier (paroi + mucus + microbiote intestinals). 

Le « terrain » : pourquoi vous êtes plus susceptible

Toutes ces causes agissent sur un profil (ou « terrain ») qui est déjà fragilisé et prédisposé aux déséquilibres. Plusieurs facteurs peuvent être en jeu :

  • Une dysbiose héritée au moment de la naissance (césarienne, microbiote maternel…), en plus des polluants que nous venons d’évoquer.
  • La dysbiose et les biofilms résistants que l’on s’est créé : la qualité et la variété des aliments que nous ingérons depuis notre enfance et la manière de s’alimenter (manger vite et tard le soir), la fréquence des antibiotiques depuis l’enfance, etc… Dans le SIBO opiniâtre il ne faudra pas négliger d’agir sur les biofilms résistants (sortes de déchets et d’adhérences dans les villosités de la paroi et le mucus intestinal (d’énormes biofilms photographiés sont parfois appelés “plaques mucoïdes” par des naturopathes et internautes), au risque de ne pas avoir suffisamment d’améliorations durables.  
  • Des prédispositions génétiques qui peuvent affecter la qualité du mucus intestinal (FUT2) ou les capacités de détoxification entre autres. En faut ces caractéristiques du monde moderne que l’on vient d’évoquer (polluants, dysbioses, stress transgénérationnel, etc…) peuvent affecter certaines transmissions génétiques durant la grossesse tout comme augmenter les possibilités de mutation de gènes dormants.  
  • Un profil d’hypersensibilité, souvent associé à un système nerveux et immunitaire  plus réactif, extrêmement lié à l’ensemble de l’écosystème intestinal. Ce qui signifie généralement des manifestations allergiques et plus précisément reliées à une diminution des capacités de dégradation de l’histamine : on parle alors d’histaminose plus ou moins chronique ou d’intolérance à l’histamine, c’est-à-dire une diminution des capacités de dégradation de l’histamine. L’histamine mal gérée va dans ce cas amplifier les symptômes digestifs (gonflements, brûlures, intolérances…). 

Liste des autres causes sous-jacentes à connaître pour une prise en charge réellement complète (par ordre d’importance) : 

  • Sommeil non réparateur et épuisement surrénalien, lumière des écrans le soir empêchant la sécrétion de la mélatonine, hyper-oestrogénie relative (liée en partie à à l’histamine)
  • Dénutrition fréquente non prise en charge (vitamines, minéraux et oligo-éléments, acides aminés, omega 3 et autres acides gras anti-inflammatoires, collagène,etc…). Un nombre important de personnes m’ont témoigné que leur SIBO s’était installé après une longue période de végétarisme ou de véganisme. 
  • Sédentarité et manque d’activité physique et musculaire (donc de circulation sanguine et lymphatique) est souvent mentionné par les personnes témoignant de leurs améliorations des fonctions digestives et plusieurs études existent. D’autre part une étude montre l’intérêt de la rééducation du plancher pelvien et des respirations abdominales (diaphragme) sur la diminution durable des ballonnements
  • Forte cérébralité (ou surmenage intellectuel et sur-utilisation des smartphones) : rester longtemps ou souvent à penser et ruminer en boucle épuise le méridien d’acupuncture rate-pancréas (responsable de la digestion et de l’assimilation des nutriments) : on parle de “vide d’énergie de la rate”. Ensuite ça épuise l’énergie du foie ( et ça finit par atteindre l’énergie du rein (énergie vitale de chaque cellule du corps et du système immunitaire en particulier). 
  • Les ondes électromagnétiques basses et les ondes de le G5 (antennes relais, WIFI, etc…) peuvent agir de manière délétère sur notre système nerveux et notre microbiote, notamment chez des personnes déjà affaiblies immunitairement ou sur le plan cardio-vasculaire. Mais il semble que l’ensemble de la population puisse être  affecté, même si les données manquent encore. L’exposition aux ondes de nos habitats ne devrait pas être négligée, en particulier lorsque l’on habite en ville et en appartement. 
  • Les excès de vaccins ont été étudiés par plusieurs de mes amis médecins homéopathes : il ressort que le système immunitaire pourrait être plus impacté ou déséquilibré que ce que l’on pensait jusqu’à présent. Pour ce qui est des injections à base d’ARN du COVID je peux évaluer qu’environ 60% des personnes qui me consultent ont observé une dégradation de leur santé après la 2ème ou la 3ème injection. Ce qui revient le plus souvent : les troubles digestifs sont devenus plus fréquents ou chroniques, la fatigue intense ou chronique, une accélération ou le déclenchement de troubles immunitaires ou de pathologies auto-immunes, des douleurs et des spasmes divers plus fréquents, etc.. Si c’est votre cas il faudra alors  envisager de suivre les conseils des médecins fonctionnels pour remonter la pente
  • Insuffisances hormonales chez la femme ménopausée, en particulier en progestérone, qui joue un rôle relativement important dans la motilité intestinale et des processus anti-inflammatoires. On pourrait presque parler de “syndrome de carence hormonale digestive”. 
  • Émotions enfouies depuis notre enfance (et depuis notre conception). Nos émotions et mémoires familiales vont créer du stress et de l’anxiété plus ou moins chronique et surtout une tension dans le système nerveux. Négliger ce travail peut contribuer à créer des réflexes de contrôle, qui ne lâchent pas (qui retiennent les selles !) et peut activer le système nerveux orthosympathique et donc entraver le bon fonctionnement du système nerveux parasympathique (responsable de notre digestion, de nos états de sérénité et de notre sommeil).
  • Message des symptômes : ces notions d’émotions et de mémoires enfouies amènent beaucoup de personnes à se poser des questions de réalignement spirituelle, et témoignent de profondes prises de conscience du sens de ce qu’elles vivent durant la période de transformations et de bouleversements que nous traversons. Plus concrètement ces personnes expriment leur besoin de comprendre les messages que leur corps leur envoie. Les méthodes permettant d’agir sur un plan énergétique et/ou émotionnel sont de plus en plus nombreuses. Le grand défi est de trouver celle qui nous convient. L’avantage est que j’en ai testé de très nombreuses et que parallèlement je lis régulièrement les revues de neuroscience qui aiguillent également sur les approches les plus efficaces ou prometteuses.

Identifier les causes principales de votre SIBO est ainsi un travail d’enquête fondamental. C’est cette compréhension qui permettra de définir une stratégie de traitement réellement ciblée et durable. D’ailleurs les témoignages de rechutes sont légions et effraient les personnes à qui on annonce un SIBO ou un intestin irritable. 

L’étape suivante est de confirmer objectivement la présence et le type de ces proliférations.

[BOUTON] -> Découvrir comment obtenir un diagnostic précis (Lien vers la page « Comment diagnostiquer le SIBO ? »)

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